Impuesto sobre nómina (ISN) en Querétaro y Guanajuato: tasas y obligaciones 2026
Si tu empresa tiene trabajadores en el Bajío, el Impuesto sobre Nómina (ISN) es una de esas obligaciones mensuales que parecen menores pero que, mal calculadas, generan recargos, multas y observaciones de la Secretaría de Finanzas de tu estado. Y como es un impuesto estatal, la tasa y las reglas cambian según dónde laboren físicamente tus empleados.
Esto es clave para las empresas del corredor industrial Querétaro–Guanajuato, que muchas veces tienen personal en ambos estados. En esta guía de Grupo CerVel te explicamos las tasas vigentes en 2026, cómo se calcula, cuándo se paga y qué obligaciones debes cumplir en cada entidad.
¿Qué es el ISN y quién lo paga?
El ISN (también llamado impuesto sobre erogaciones por remuneraciones al trabajo personal subordinado) es un impuesto estatal a cargo del patrón, no del trabajador. Es decir, no se descuenta del sueldo del empleado: representa un costo adicional de la nómina que absorbe la empresa.
Están obligadas todas las personas físicas y morales que realicen pagos por sueldos, salarios y demás remuneraciones a trabajadores dentro del territorio del estado.
Tasas de ISN 2026: Querétaro vs Guanajuato
| Estado | Tasa ISN 2026 | Fundamento |
|---|---|---|
| Querétaro | 3% | Ley de Hacienda del Estado de Querétaro |
| Guanajuato | 2% | Ley de Hacienda para el Estado de Guanajuato |
Dato importante para Querétaro: la tasa subió de 2% a 3% en 2022 y se mantiene en 2026. Además, Querétaro concede una deducción en la base gravable equivalente a 8 veces el salario mínimo general mensual, lo que reduce el impuesto a pagar.
Dato importante para Guanajuato: el paquete fiscal 2026 aprobado por el Congreso estatal no contempla nuevos impuestos ni aumento de tasas, por lo que el ISN se mantiene en 2%.
Nota: las tasas y deducciones pueden ajustarse cada año al publicarse la Ley de Ingresos estatal. Antes de aplicar, conviene confirmar la cifra vigente con la Secretaría de Finanzas correspondiente o con tu despacho contable.
¿Qué integra la base gravable?
El ISN se calcula sobre el total de las remuneraciones pagadas en el mes, que generalmente incluye:
- Sueldos y salarios
- Comisiones y bonos
- Aguinaldo, prima vacacional y gratificaciones
- Tiempo extra gravado
- Prestaciones en efectivo
Algunos conceptos pueden estar exentos o tener tratamiento especial según cada estado (por ejemplo, ciertos vales de despensa o fondos de ahorro dentro de los topes ligados a la UMA). La PTU, por regla general, no forma parte de la base gravable del ISN.
Cómo se calcula: ejemplo práctico
Supongamos una nómina mensual gravable de $300,000 en cada estado:
En Querétaro (3%):
- $300,000 × 3% = $9,000 de ISN
- (antes de aplicar la deducción de 8 salarios mínimos, que reduce la base)
En Guanajuato (2%):
- $300,000 × 2% = $6,000 de ISN
Como ves, la misma nómina genera un impuesto distinto según el estado. Por eso, si tienes operaciones en ambos, el ISN debe pagarse por separado en cada entidad, según dónde labore físicamente cada trabajador.
El criterio de territorialidad (clave para empresas del Bajío)
El ISN se causa en el estado donde el trabajador desempeña físicamente su labor, no necesariamente donde está el domicilio fiscal de la empresa.
Ejemplo: si tu matriz está en Querétaro pero tienes una planta en León, Guanajuato, debes:
- Pagar ISN al 3% en Querétaro por el personal de la matriz.
- Pagar ISN al 2% en Guanajuato por el personal de la planta de León.
Para empleados en home office, en 2026 el impuesto generalmente se causa en el estado del centro de trabajo al que está adscrito el colaborador, aunque algunas legislaciones locales están ajustando este criterio. Conviene revisarlo caso por caso.
Fechas de pago y declaración
En ambos estados el ISN es de periodicidad mensual y se entera ante la Secretaría de Finanzas estatal, generalmente a más tardar el día 22 del mes siguiente al que corresponden las remuneraciones (verifica la fecha exacta de tu estado, ya que puede variar).
Adicionalmente, según el estado, puede existir la obligación de presentar una declaración anual informativa del ISN.
Consecuencias de un cálculo o pago incorrecto
No pagar, pagar tarde o calcular mal el ISN puede derivar en:
- Recargos y actualización sobre el impuesto omitido.
- Multas impuestas por la Secretaría de Finanzas estatal.
- Auditorías o revisiones locales.
- Créditos fiscales estatales que afectan la situación de la empresa.
Los errores más comunes son: no incluir todas las percepciones gravadas, confundir la tasa de un estado con la de otro, no aplicar las deducciones o estímulos disponibles, y pagar fuera de plazo.
Cómo evitar errores en el ISN
- Identifica correctamente dónde labora cada trabajador para aplicar la tasa estatal correcta.
- Mantén bien clasificadas las percepciones gravadas y exentas en tu sistema de nómina.
- Aplica las deducciones y estímulos vigentes en cada estado (en Querétaro, la deducción de 8 salarios mínimos).
- Respeta los plazos mensuales de pago para evitar recargos.
- Apóyate en un despacho contable local que conozca las particularidades de Querétaro y Guanajuato.
Conclusión
El ISN parece sencillo —una tasa sobre la nómina— pero su correcta aplicación se complica cuando una empresa opera en varios estados del Bajío con tasas y reglas distintas. Querétaro al 3% y Guanajuato al 2% exigen un manejo cuidadoso de la base gravable, la territorialidad y los plazos para evitar sanciones que impactan el flujo de efectivo.
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